Esta questão agora tem 3 anos, então a situação pode ter mudado um pouco, mas o problema ainda existe. Estou enfrentando na minha configuração (Debian + Mate). Assistir a um vídeo em HTML5, mesmo no modo de tela inteira, não inibe o protetor de tela.
Isso deveria ter sido corrigido no Firefox 33 (14 de outubro) (veja o bug 811261 ) , mas parece ser mais complicado do que o esperado porque existem diferentes formas (APIs) para gerenciar solicitações de inibição.
Um erro sobre isso é aberto ( 1168090 ). Um patch foi proposto há algum tempo, mas o desenvolvimento parece parado.
Desativar o protetor de tela manualmente é um pouco pesado. Uma solução simples é iniciar o vlc ao assistir um vídeo HTML5 longo (mesmo em modo não-tela cheia e até mesmo pausado, o vlc inibe o protetor de tela).
Existe um script sh chamado lightsOn que tem como objetivo detectar aplicativos que devem inibir o protetor de tela e redefinir o timer do protetor de tela regularmente quando esses aplicativos forem detectados. O projeto original parece sem manutenção, mas ainda há alguns garfos vivos. A partir de uma tentativa rápida, partizand / lightsOn parece fazer o truque. Basicamente, baixe o script e inicie-o na inicialização da sessão (como usuário sem privilégios).