Você deve tentar esperar até que o mousemove seja concluído. Às vezes, as coisas ficam fora de sincronia se o sistema estiver lento. Você pode colocar um atraso (com sleep ou xdotool --delay . Isso sempre atrasa e atrasa as coisas. Você deve primeiro tentar:
xdotool mousemove --sync 1000 5 click 3
Como --sync não espera se nada precisar ser feito. Se isso não te ajudar
pode sempre colocar em um atraso extra com sleep :
xdotool mousemove --sync 1000 5
sleep 0.2
xdotool click 3