Eu tive esse mesmo problema. As configurações do servidor Linux Samba têm uma máscara de criação onde você pode definir as permissões de criação padrão. Há uma configuração forçar usuário onde você pode forçar arquivos criados para sempre ser o mesmo usuário.
Local das configurações no Ubuntu:
/etc/samba/smb.conf
Se as suas permissões estão mudando, mesmo que você esteja apenas editando o arquivo, isso pode acontecer porque o seu editor em particular possui um recurso de "salvamento atômico". É aí que o editor cria um arquivo temporário e grava as alterações e substitui o arquivo temporário pelo original. Isso significa que toda vez que você modificar um arquivo que você está realmente excluindo e criando um novo arquivo.