É quase sempre o caso que "quando o root não pode fazer algo que o root deve ser capaz de fazer, o problema é selinux".
Como já se passaram meses, a situação provavelmente foi sanada, mas se alguém tiver um problema semelhante e vir este post, recomendo rodar o "setenforce 0", que colocará o selinux no modo "permissivo" até a próxima reinicialização (ou até que "setenforce 1" seja executado). Veja se isso o corrige de tal forma que você pode fazer um cd no Desktop.
Se isso for corrigido, será necessário restaurar o contexto do selinux para / home / user ou alterar a política do selinux para arquivos em / home.