A partir da sua descrição, imaginei que você queria executar o script de shell na máquina remota. Mas talvez seja mais conveniente configurar um shell script para rodar apenas em sua máquina local, empurrando o pacote do diretório de pacotes local para o seu repositório git local. Então você poderia usar o cron ou, ainda mais, um git commit hook, para rodar este script para que você esteja sempre em sincronia.
[Movido de comentário para responder a pedido]