Programa pare no usuário, mas roda sob o root

Question

Estou executando o R job em um usuário normal john e root . Curiosamente, o programa fica parado em john user, mas é executado rapidamente abaixo de root . Usando strace , descobri que quando john executa o R , o processo trava para seu processo filho. Eu acho que o Linux não deixa o processo filho continuar e o pai (programa principal) fica paralisado infinitamente. Existe alguma limitação no número de fork / clone que um usuário linux normal pode fazer? Alguma idéia de por que isso acontece?

Enfim, aqui em este post descrevi meu começo ponto de problema.

Outras informações

Últimas linhas de strace para john user (onde o programa está parado):

lseek(255, -82, SEEK_CUR)               = 1746
clone(child_stack=0, flags=CLONE_CHILD_CLEARTID|CLONE_CHILD_SETTID|SIGCHLD, child_tidptr=0x7fa12fd4f9d0) = 13302
rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, [CHLD], [], 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, [CHLD], [], 8) = 0
rt_sigaction(SIGINT, {0x43d060, [], SA_RESTORER, 0x311b432900}, {0x452250, [], SA_RESTORER, 0x311b432900}, 8) = 0
wait4(-1,  <unfinished ...>

Últimas linhas de strace para root (onde o programa é executado completamente):

lseek(255, -82, SEEK_CUR)               = 1746
clone(child_stack=0, flags=CLONE_CHILD_CLEARTID|CLONE_CHILD_SETTID|SIGCHLD, child_tidptr=0x7f81d8e239d0) = 13244
rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, [CHLD], [], 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, [CHLD], [], 8) = 0
rt_sigaction(SIGINT, {0x43d060, [], SA_RESTORER, 0x311b432900}, {0x452250, [], SA_RESTORER, 0x311b432900}, 8) = 0
wait4(-1, [{WIFEXITED(s) && WEXITSTATUS(s) == 1}], 0, NULL) = 13244
rt_sigprocmask(SIG_SETMASK, [], NULL, 8) = 0
--- SIGCHLD (Child exited) @ 0 (0) ---
wait4(-1, 0x7fff54a591dc, WNOHANG, NULL) = -1 ECHILD (No child processes)
rt_sigreturn(0xffffffffffffffff)        = 0
rt_sigaction(SIGINT, {0x452250, [], SA_RESTORER, 0x311b432900}, {0x43d060, [], SA_RESTORER, 0x311b432900}, 8) = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, NULL, [], 8)  = 0
read(255, "\n### Local Variables: ***\n### mo"..., 1828) = 82
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, NULL, [], 8)  = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, NULL, [], 8)  = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, NULL, [], 8)  = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, NULL, [], 8)  = 0
rt_sigprocmask(SIG_BLOCK, NULL, [], 8)  = 0
read(255, "", 1828)                     = 0
exit_group(1) 

    

Answer 1

Use strace -f R para seguir R e todos os seus processos filhos também. Isso deve mostrar o ponto exato em que o programa filho trava.

Alguns pontos possíveis adicionais para verificar:

como root ( su - root ), e como usuário john, compare as saídas de:

ulimit -a  #will show all the "limits" set for that user. You may reach one of them?
set ; env  #maybe john & root don't have same PATH or some other thing changes (LD_LIBRARY_PATH? or another?)
grep $(whoami) /etc/passwd /etc/group  #see if john maybe needs to be in some group?