Exceto se você tiver arquivos esparsos, parece que você está procurando du -s «dir» vs. du -s --apparent-size «dir» .
Ou, em stat output, a diferença entre tamanho e blocos × tamanho do bloco:
anthony@Zia:/tmp$ echo -n 1 > foo
anthony@Zia:/tmp$ stat -c '%s %b × %B' foo
1 8 × 512
E com du (cujo valor padrão é kilobytes, adicione -B 1 se você quiser bytes):
anthony@Zia:/tmp$ du foo
4 foo
anthony@Zia:/tmp$ du --apparent-size foo
1 foo
du , obviamente, contará com árvores de diretórios inteiras, não apenas arquivos individuais.