1- você pode usar convmv -f xxx -t yyy --notest .
em sua pasta contendo os arquivos / pastas já extraídos. xxx significa sua codificação do Windows, gbk e assim por diante; yyy é a sua codificação Linux, utf8 e assim por diante.
3- você pode usar o file-roller (o Ark não é suportado), desinstalar o pacote unzip e instalar pacotes p7zip-full.