Com esse esquema de cores, você pode definir uma cor de cursor que forneça contraste suficiente, de modo que fique prontamente visível na janela e também transparente o suficiente para destacar a letra em que está.
Experimente: URxvt.cursorColor: #666
Uma outra coisa que você pode querer alterar: os comentários neste arquivo são !
não a #
- você pode salvá-lo de algum pesadelo mais abaixo na trilha ...