Tente adicionar o sinalizador "verbose" ao rsync e veja o que é dito:
rsync -avxS --exclude='/*/.gvfs' /home/. /media/home/.
Edite sua pergunta para incluir os resultados e poderemos ajudá-lo ainda mais.
Além disso, não sei por que você está indo com /home/.
, tente apenas /home/
:
rsync -avxS --exclude='/*/.gvfs' /home/ /media/home/
EDITAR: Além disso, certifique-se de que não esteja logado em qualquer usuário com um diretório pessoal criptografado. Se todos os usuários tiverem diretórios pessoais criptografados, adicione um usuário que não seja o primeiro e use esse usuário para copiar.