IMHO Linux ainda não chegou ao ponto em que poderia ser usado com GUI normalmente, especialmente com cartões nVidia ... Eu tive o mesmo problema há um tempo atrás e eu configurei
CLUTTER_PAINT=disable-clipped-redraws:disable-culling
em /etc/environment
e inicialmente funcionou bem. Algumas atualizações após o problema reapareceram.
Você pode tentar adicionar evdi
a /etc/modules
e, em seguida, options evdi initial_device_count=2
a /etc/modprobe.d/evdi.conf
No meu sistema, isso resolveu o problema ... Se você tiver sorte, ajudará no seu sistema também ... Boa sorte!