Parece-me que você está enfrentando um erro relacionado à alocação de memória para a taxa de transferência de dados do barramento PCI, apesar do fato de estar executando em uma VM. Embora eu não esteja familiarizado com o VMWare, suspeito que possa haver uma configuração relacionada à emulação de PCI ou à alocação de memória que você possa ajustar para corrigi-lo.
O tópico do fórum mencionado no final deste post sugere que um problema semelhante pode ser resolvido com a desativação da ACPI, embora eu não possa garantir a precisão do referido tópico.
Eu suspeito (embora eu não tenha nenhuma informação para respaldar isso, portanto, tome isso com um grão de sal) que pode ter algo a ver com a arquitetura que você está emulando. Se você estiver emulando x86 de 32 bits, sugiro tentar emular a versão de 64 bits do mesmo software e testar se ele também ocorre lá.
Quanto à remoção do log, acredito que isso pode ser feito facilmente usando dmesg -C
, ou talvez (se você quiser automatizá-lo) configurar uma tarefa Cron para executar a tarefa mencionada a cada hora.