POSIX_FADV_DONTNEED é levado em consideração no Linux; veja mm/fadvise.c na fonte do kernel. Toda vez que você chama posix_fadvise() com POSIX_FADV_DONTNEED , qualquer cache de página correspondente é drenado.
Como jthill mencionado, uma abordagem melhor para minimizar o impacto de E / S no cache de páginas seria para abrir os arquivos com O_DIRECT .