Eu acho que não é possível. Esse comportamento é codificado.
Quando você estiver abrindo a sua Área de Trabalho da maneira mostrada na primeira captura de tela, você está abrindo a localização desktop:/ (você pode digitar esse endereço na barra URI no Konqueror ou no Dolphin para verificar). O manipulador deste pseudoprotocolo é o componente do KDE ( kioslave ) denominado kio_desktop . Quando você abre o local normal, o Dolphin está usando o kioslave kio_file (para o protocolo file:/ ).
No código-fonte de kio_desktop existe uma função especial que é responsável por manipular arquivos da área de trabalho. Na linha 229 você pode encontrar o código que oculta a extensão removendo os últimos 8 caracteres do nome do arquivo exibido.
No código de kio_file não há referência ao arquivo da área de trabalho, então estou assumindo que kio_file trata .desktop como arquivos normais.
