Tente isso. Crie um arquivo bash contendo o seguinte e configure-o para ser executado na inicialização.
#!/bin/bash
#delay for 10 seconds
sleep 10
#Check to see if Media has failed to mount and carry out the fix
if ! mount | grep Media > /dev/null; then
ntfsfix /dev/disk/by-label/my-ntfs-partition && mount -t ntfs /dev/path/to/ntfsdisk /media/Media
else
exit
fi
A execução de scripts na inicialização varia de acordo com o ambiente da área de trabalho, por isso não posso comentar isso. Por exemplo. Conseguir isso no Gnome é diferente do Openbox.
Espero que isso ajude.