Eu tive o mesmo problema no OpenSUSE 42.3 com aplicativos GTK 2.0. Ao procurar por uma solução, eu frequentemente encontrei unity e em fóruns do Ubuntu há uma postagem que afirma que isso é um bug de unidade .
Como não uso unidade, tentei remover pacotes relacionados. Para mim, os pacotes a serem removidos foram unity-gtk2-module , unity-gtk3-module e unity-gtk-module-common . A remoção desses pacotes resolveu meu problema. Todos os menubares voltaram após o próximo login.