Eu acho que você está usando o Gnome? De qualquer forma, use as ferramentas fornecidas pela GUI que estiver usando e certifique-se de apontar o item de menu que você usa para iniciar o gerenciador de pacotes (acredito que o gerenciador de pacotes no CentOS seja chamado pirut
, mas mude de acordo):
gksudo pirut
e não apenas pirut
. Isso deve fazer com que você peça uma senha da próxima vez.