Sei que isso não responde à sua pergunta, mas se o usuário não estava em /etc/passwd , alguém com sudo/root de acesso excluiu o usuário em algum momento. Sendo que o diretório home do usuário também estava faltando, dá-me a impressão de que alguém executou um não apenas userdel , eles fizeram um rm -rf /home/user . Isso implica que houve intenção de excluir. Você pode verificar o arquivo secure em /var/log para ver se, de fato, alguém excluiu o usuário.