Não, isso não vai funcionar. O NTP precisa de uma fonte de tempo válida. Um host não sincronizado não é uma fonte válida, portanto dois hosts não sincronizados não podem ser válidos um para o outro. Na verdade, a filosofia do NTP é sobre distribuir o tempo "correto", não para tentar manter um conjunto de máquinas sincronizadas entre si.
Se você absolutamente não consegue obter uma fonte de tempo real, pode mentir para o NTP e dizer que o relógio de uma das máquinas deve ser confiável. Escolha um servidor como o "correto" e configure um relógio local nele. Esse relógio seria a fonte para o NTP desse servidor, e o outro servidor seria sincronizado com ele.
Se você quiser que o relógio do servidor A seja o usado, ele terá no ntp.conf:
server 127.127.1.1 # local clock trusted
fudge 127.127.1.1 stratum 10 # Real clocks should be preferred
Dizemos ao servidor para usar o relógio e fingir que é um relógio de camada 10. Isso significa que o servidor A deve então sincronizar e se tornar um servidor de estrato 11. Você pode então apontar B e sincronizar.
ntp.conf do servidor B
server A
É isso. Execute ntpq -p
para ver a sincronização.