Por padrão, cp copia apenas os arquivos diretos e não os subdiretórios no diretório. A mensagem cp: omitting directory 'directory' avisa que o diretório mencionado não foi copiado.
Para isso, especifique a opção -r (ou --recursive ):
sudo cp -r ~/Transfers/ZendFramework-1.11.4-minimal/library/Zend/* ~/public_html/cmsk.dev/library/
A página de manual (comando: man cp ) contém uma visão geral das opções disponíveis.