Deve ser possível.
É assim que um computador típico com botas Linux -
BIOS ->
Bootloader ->
Linux Kernel ->
INIT runs start-up scripts ->
Login Screen ->
Desktop Environment and / or Windows Manager
Basicamente, quando o computador é iniciado, ele procura por um gerenciador de inicialização. No caso do Linux, isso é popularmente como GRUB ou LILO. O GRUB ou o LILO carregam o kernel do Linux. O kernel detecta o hardware e carrega os drivers apropriados, monta suas unidades e faz todas as outras coisas que um kernel deve fazer. Ele também executa o programa init, que também é responsável por criar outro processo, baseado nos scripts de inicialização.
Leia mais aqui: Processo de inicialização do Linux
Voltando à sua pergunta, todas as mensagens de inicialização / informação que você vê são geradas durante cada fase de inicialização. BIOS vai mostrar tela inicial, o bootloader dá-lhe a opção de selecionar o kernel, etc, e assim por diante.
Basta verificar o manual / documentação de cada um deles (o gerenciador de inicialização, o kernel, os scripts de inicialização etc.) que é usado na distribuição do Linux que você está usando, e verificar se eles têm uma opção / configuração para desligar essas mensagens. (Se eles não tiverem uma opção, você pode ter que reescrever esses scripts para que essas mensagens não sejam exibidas.) E finalmente alterar / criar um script de inicialização que execute seu programa GUI assim que o kernel do Linux executar init.
Dica: Instalação da Rede Debian do Checkout. É um sistema linux básico mínimo. (Basta instalá-lo sem uma conexão com a internet).