Essa janela pode vir de um cliente em uma máquina diferente ou de um cliente nesta máquina, mas que está se conectando ao servidor X via TCP. Por que você não faz xkill?
Você também pode querer tentar executar o windows pai
xwininfo -children -id 0x04c00004
para descobrir. E então você pode verificar se a janela pai tem um pid.
ps -fp "$(
xprop -id "$(
xwininfo -children -id 0x04c00004 |
sed -n 's/.*Parent window id: \([^ ]*\).*//p'
)" _NET_WM_PID | sed 's/.* //'
)"