É o mesmo que para o GRUB. Se você criou uma partição /boot
separada para o seu GRUB e depois a excluiu, seu GRUB deixará de funcionar. Existe um pequeno programa que reside no início da sua partição ou unidade de disco (com um máximo de 446 bytes) que carrega o resto do gerenciador de inicialização que tem que residir em algum lugar.
Agora, se você quiser inicializar o seu Windows - não o exclua. Acredito que o GRUB não consiga inicializar o Windows diretamente, pois o Windows não é compatível com a inicialização múltipla. Seu GRUB tem que chainload bootloader do Windows para inicializar este SO. Você pode imaginar que este gerenciador de inicialização precisa estar fisicamente em sua unidade.
Teoricamente, seu gerenciador de partida pode ser movido desta partição para o seu NTFS principal, e então esses 100MB se fundem com ele, mas provavelmente não vale a pena.