Se você quiser consistência, use sempre systemctl para stop , start e restart . Isso acaba usando o programa apache2ctl - por enquanto através do script /etc/init.d/apache2 , mas provavelmente de um arquivo nativo systemd unit no futuro.
systemd não saberá quando você usou apache2ctl diretamente, possivelmente resultando (como você descobriu) em uma situação em que systemd acha que apache2 ainda está em um estado defeituoso quando está em execução bem.
Para configtest e status , use apache2ctl . Eles apenas consultam o apache sem alterar seu estado.