Tecnicamente, não existe um “programa Gnome” ou “um programa do KDE”. Este é um conceito puramente humano. Existem executáveis vinculados a bibliotecas do Gnome e executáveis vinculados a bibliotecas do KDE; em teoria, um programa poderia estar ligado a ambos, ou decidir em tempo de execução qual (se algum) carregar e usar.
Se os componentes do ambiente de área de trabalho do KDE não iniciarem o programa adequado do KDE (supondo que o programa esteja instalado) quando existir, isso pode ser um erro de configuração que você deve relatar como um bug para o Ubuntu.
Você deve ser capaz de se livrar de muitos aplicativos Gnome (por exemplo, o arquivador errado aparecendo quando você clica em um arquivo zip) fornecendo seu próprio ~/.mailcap
fazendo referência aos aplicativos do KDE. Copie as linhas que fazem referência aos programas de que você gosta em /etc/mailcap
.