Estou usando o xubuntu (não a unidade) e a rolagem do mouse funciona totalmente errada. Eu vejo os primeiros comentários sobre este datado de 2011. Agora é 2017 e tudo é a mesma bagunça.
Estou usando o xubuntu. E eu gosto da direção natural de rolagem do mouse - da mesma forma que funciona no MacOS X. Se você quiser mover sua página para cima, role dois dedos para cima. Se rolar para baixo e depois para baixo.
Eu tenho touchpad. Por padrão, eu tenho a direção de rolagem reversa. Rolar os dedos para cima para rolar a página para baixo, da esquerda para a direita. Se eu ativar a rolagem reversa para o touchpad, obtenho a direção natural de rolagem para cima / baixo. Mas a direção esquerda ainda é antinatural. E questão separada é o Google Chrome (não o cromo, eu não verifiquei). Minha versão do Chrome é 58.0.3029.110 (64 bits). E ignora totalmente as configurações do sistema. Tem sempre uma direção de rolagem não natural para cima / baixo.