Na minha máquina (debian unstable), o ssh-agent e o gpg-agent têm seus próprios arquivos de serviço / socket do usuário systemd. Isso significa que eles devem ser iniciados quando o usuário fizer login ou ser ativado na primeira vez que um aplicativo estiver tentando acessá-los.
Em relação ao gnome-keyring, não há (ATM?) nenhum arquivo systemd e o gnome-keyring é iniciado tanto pelo PAM (como você mencionou) quanto pelo arquivo .desktop localizado em /etc/xdg/autostart/ . Os serviços localizados lá devem ser iniciados pelo seu gerenciador de sessão (gnome-session, ...).
Eu vejo no debian um pacote chamado obsession que contém /usr/bin/xdg-autostart . Eu pessoalmente nunca usei essa ferramenta, mas isso pode ajudá-lo a iniciar manualmente os componentes necessários se você não estiver usando um gerenciador de sessão que suporte a especificação XDG