Recentemente encontrei esse problema com uma entrada Alias que estava usando para incluir um diretório na configuração do meu servidor. Eu resolvi o problema por sym-ligando o diretório para o local correto na árvore de diretórios.
Verifique o log de erros.
Algumas distribuições Linux executam o servidor web como www-data . Verifique qual ID é usado e sudo para essa conta para verificar as permissões do diretório. Pode ajudar a ter um arquivo no diretório que você pode tentar recuperar caso a indexação do diretório esteja desabilitada.