Isso leva o suporte in-distro a ser feito corretamente (eu introduzi o suporte ao UEFI no ALT Linux); é possível solucionar isso usando links simbólicos e reprojetando os drivers do sistema de arquivos ou colocando algum script customizado em /etc/grub.d, é claro ...
FWIW a infraestrutura de manipulação binária mais desenvolvida do PE-COFF que eu vi até agora foi feita dentro do PLD Linux.