Eu tive o mesmo problema, você tem que fazer:
rsync -avh --dry-run \
--compare-dest=/run/media/user/centos6/updates/x86_64/ \
/home/REPOS/6/updates/x86_64/Packages \
/path/to/updates
Nota --compare-dest
é o pai de Packages
e não coloca /
no final da pasta de origem!