Esta é, obviamente, uma questão subjetiva com muitas respostas plausíveis.
Uma peculiaridade do cd é que ele deve ser implementado pelo próprio shell: ele não pode ser um comando externo (um que é executado em um programa separado). cd altera o diretório de trabalho do processo de shell, e somente o próprio shell pode fazer isso.
Esta é uma pergunta ruim porque cd não é o único comando desse tipo. bg , fc , fg estão no mesmo barco. cd existia antes dos outros, o que é uma maneira de torná-lo único.
Outra resposta plausível seria dd , que tem uma sintaxe de opção totalmente diferente de qualquer outra. outro comando (foi emprestado da IBM).
É claro que você pode criar argumentos para muitos outros comandos, como rm (o único comando de duas letras que é puramente destrutivo), su (o único comando de duas letras que absolutamente tem que ser setuid root) , at (o único comando de duas letras que normalmente é setgid), sh (é o próprio shell, o que o torna diferente dos outros comandos que são de propósito especial), ps (o comando de duas letras que varia mais entre os unices), etc.