O Nautilus mantém um histórico dos diretórios visitados, que podem ser acessados através do menu ou painel de histórico.
Ele não parece manter o tipo de registro que você está procurando. Se você precisar desse tipo de auditoria de segurança, deve considerar a configuração de um sistema de arquivos que registre esse tipo de alteração ou permita a captura instantânea para que possa fazer suas próprias comparações.