Apenas:
paste -d '\n' -- - - "$file2" < "$file1"
(desde $file2 não é - ).
Ou com o GNU sed , desde que $file2 (o conteúdo da variável, o nome do arquivo) não contenha caracteres de nova linha e não comece com um caractere de espaço ou tabulação:
sed "2~2R$file2" "$file1" < "$file2"
Com awk (desde que $file1 não contenha = caracteres (ou pelo menos que, se existir, a parte anterior não é um nome de variável awk aceitável)):
export file2
awk '{print}
NR % 2 == 0 {if ((getline l < ENVIRON["file2"]) > 0) print l}
' "$file1"