Uma das coisas mais fáceis e seguras é limpar o cache do gerenciador de pacotes. Você não especificou qual sistema operacional ou distribuição você usa, então darei exemplos para as distribuições principais:
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debian / ubuntu:
apt-get clean
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fedora / red hat:
yum clean
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opensuse:
zypper clean
A maioria, se não todos, outros gerenciadores de pacotes em outras distribuições têm uma funcionalidade semelhante.
Outra coisa que você pode fazer relativamente fácil é deletar versões antigas do kernel. A maioria das distribuições mantém os kernels antigos instalados ao instalar um novo kernel.
Aqui está um guia de como remover kernels antigos para o debian e o fedora: link