Faça da fonte o seu sistema root SOURCE="/"
e então crie um arquivo de exclusão em:
~/conf/<backupprofile>/exclude
Neste artigo, há um bom exemplo de arquivo de exclusão: link
**/*[Cc]ache*
**/*[Hh]istory*
**/*[Ss]ocket*
**/*[Tt]humb*
**/*[Tt]rash*
**/*[Bb]ackup
**/*.[Bb]ak
**/*[Dd]ump
**/*.[Ll]ock
**/*.log
**/*.part
**/*.[Tt]mp
**/*.[Tt]emp
**/*.swp
**/*~
**/.adobe
**/.cache
**/.dbus
**/.fonts
**/.gnupg/random_seed
**/.gvfs
**/.kvm
**/.local/share/icons
**/.macromedia
**/.obex
**/.rpmdb
**/.thumbnails
**/.VirtualBox
**/.wine
**/Downloads
Além disso, você não deve fazer backup / dev, / proc e outras pastas do sistema em um sistema Unix. Basta adicioná-los ao arquivo de exclusão.
Se você quer dizer vários diretórios remotos, você deve criar um perfil para cada máquina:
duply server1 backup
duply server2 backup