A execução do seguinte comando find
no diretório que você está vendo fará o seguinte:
find . -name 'KLL[0-9][0-9][0-9]' -exec sh -c 'mv $0 $0.fastq' {} \;
Que adicionará a extensão .fastq
a qualquer nome de arquivo começando com KLL
seguido por três dígitos.