IMHO, a solução ideal é executar esse proxy como daemon do sistema.
Este tutorial do Novel deve ensinar conceitos básicos. Infelizmente é um pouco centrado no SuSE, em outras distribuições os detalhes podem ser ligeiramente diferentes. Use-o como ponto de partida.
P.S. Há algo estranho em sua pergunta, um serviço iniciado na inicialização não tem uma janela de terminal. Um programa iniciado quando você faz logon pode ter uma janela de terminal. Talvez você tenha o recurso de login automático ativado, portanto, você está confundindo o processo de inicialização com o processo de login.