Use isto:
awk -F, '($2==1000 && $4!="A") || ($2==1001 && $4!="B") || ($2==1002 && $4!="C")' file
Nos brachets curvy são as 3 condições; se um deles se aplicar, a linha será impressa. As condições dentro dos parênteses estão conectadas com um AND, então ambas devem ser aplicadas.