Seu comando não funciona devido aos traços antes das instruções <Directory ...>
(e </Directory>
). Isso deve funcionar:
sed '/<Directory "\/var\/www\/html">/,/<\/Directory>/d' /etc/httpd/conf/httpd.conf
Além disso, para tornar isso mais legível, convém usar outro caractere como delimitador do que /
, por exemplo, #
, assim;
sed '\#<Directory "/var/www/html">#,\#</Directory>#d' /etc/httpd/conf/httpd.conf