As partições estendidas e lógicas só fazem sentido com a tabela de partições msdos. Sua única finalidade é permitir que você tenha mais de 4 partições. Com o GPT, existem apenas partições 'primárias' e seu número é geralmente limitado a 128 (no entanto, em teoria, não há limite superior implícito no formato do disklabel). Observe que, no GPT, nenhuma das partições pode se sobrepor (compare com msdos em que se espera que a partição estendida se sobreponha a todas as partições lógicas contidas, obviamente).
A próxima coisa sobre o GPT é que as partições podem ter nomes, e aí vem a confusão: o comando mkpart tem semânticas diferentes dependendo se você usa a tabela de partições GPT ou msdos.
Com a tabela de partições msdos, o segundo argumento para mkpart é o tipo de partição (primário / lógico / estendido), enquanto que com o GPT, o segundo argumento é o nome da partição. No seu caso é 'primário' resp. 'extended' resp. 'lógico'. Então o parted criou duas partições GPT, primeiro nomeadas 'primary' e a segunda com o nome 'extended'. A terceira partição que você tentou criar (a 'lógica') se sobreporia à 'estendida', então o parted se recusa a fazê-lo.
Em suma, as partições estendidas e lógicas não fazem sentido no GPT. Apenas crie quantas partições "normais" desejar e dê a elas nomes próprios.