RedHat Enterprise Linux (RHEL) é a versão baseada em servidor oferecida pela Redhat (a empresa por trás do Fedora), para a qual você pode comprar o apoio deles. O CentOS é a versão mantida e suportada pela comunidade de código aberto. A principal diferença, a menos que você queira comprar o suporte da RedHat, parece ser que o CentOS não marca o RHEL (substituindo a arte da RH) e, acredito, remove o software não-livre.