Você precisa ter o bit de execução definido em um diretório para permitir que o usuário afetado o insira e acesse arquivos e diretórios internos, e você o removeu (seu comando remove o bit de execução dos arquivos e das pastas) . Há informações sobre este aqui . O seguinte comando deve corrigir:
find ~/Documents -type d -exec chmod a+x {} +