Você pode usar :verbose set modifiable? para descobrir se um plug-in está configurando a opção. Se a opção foi modificada por um plugin, ela mostrará Last set from /path/to/plugin/file (além de mostrar o valor).
Talvez você esteja usando o plug-in Netrw. Ele vem junto com o Vim e trata de “editar” diretórios locais (listando o conteúdo, escolhendo arquivos para visualizar / editar) e acesso remoto a arquivos / diretórios. Eu sei que gira entre modifiable (e algumas outras opções). Pode haver um bug na versão que acompanha seu Vim atualizado. Você pode verificar o número da versão da instalação ativa do Netrw com :echo g:loaded_netrwPlugin .
Se o problema parece estar relacionado ao Netrw, você pode tentar instalar outra versão lançada ou talvez uma versão de desenvolvimento .