Eu não verifiquei o código em si, mas como o e4defrag está trabalhando apenas em um único arquivo de cada vez, ele definitivamente não pode corromper todo o sistema de arquivos.
Em qualquer caso, a movimentação real dos dados é feita no kernel no contexto de uma transação de diário, por isso deve ser imune a tudo o que você faz no espaço do usuário. Não deve ser capaz de causar um problema se você reiniciar no meio.