Você pode fazer isso apenas com find
e awk
:
find . -type f -name '*.php' -size +1000c -exec awk '
FNR > 1 {nextfile}
length >= 1000 {print FILENAME}' {} +
O script awk
pula para o próximo arquivo após a primeira linha de cada arquivo. Ele imprime o nome do arquivo atual se a linha atual for > = 1000 caracteres.