Como os comentários indicam, o problema parece ser branco ou retorno de carro. Qualquer um dos seguintes deve fazer o truque:
$ (sort -n A B) | sed -E 's/[^[:alnum:]]+$//' | uniq -d
$ (sort -n A B) | tr -d '\r ' | uniq -d
Alguns sabores do GNU sed usam -r
para obter expressões regulares estendidas. tr
é certamente mais simples, mas também mais brutal, na medida em que remove os caracteres, quer estejam ou não à direita.