Se eles estiverem na mesma linha, você pode fazer isso de forma bem trivial com sed :
$ sed -i '/<\/body><\/html>/ i <script src="ga.js"></script>' *.html
Localiza todos os arquivos html no diretório atual ( *.html ), procura por </body></html> ( /.../ ) e insere ( i ) a tag de script antes dela, gravando as alterações novamente no mesmo arquivo ( -i )