Se você tem $EDITOR = vi* ou VISUAL = vi* quando zsh é iniciado, o zsh usa o modo de inserção do vi como o mapa de teclas padrão. Caso contrário, o zsh usa o modo emacs. Você provavelmente configurou EDITOR (ou VISUAL ) para vim em seu arquivo init, mas não possui essa configuração quando executado como root, portanto, você está vendo o mapa do modo vi, em que a pesquisa de histórico está em ^X r e ^X s .
Adicione bindkey -e ao seu .zshrc (ou aprenda o mapa vi).
Como de costume, isso está na documentação ( zshzle man page), mas você precisa saber o que está procurando.