Como uma abordagem de força bruta, supondo que você tenha acesso a todos os diretórios de usuários e que todos os usuários estejam usando o bash como seu shell padrão, você pode pesquisar em seus arquivos de histórico:
grep 'deletedfilename' /home/*/.bash_history
Supondo que eles foram excluídos recentemente o suficiente para que o comando ainda seja salvo no histórico do shell do usuário, isso mostrará a você quem excluiu os arquivos. Você também pode estender isso para procurar os arquivos equivalentes de outros shells. Por exemplo:
grep 'deletedfilename' /home/*/.bash_history /home/*/.zsh_history