Você deve preferir colocar as pastas do seu aplicativo em / opt, o que é exatamente o que você está pedindo.
O / usr é a pasta na qual os arquivos e pastas são mantidos por gerenciadores de pacotes como apt-get para Debian ou yum para o CentOS.
Além disso, você pode querer verificar o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos para Linux.